FUNDEMAR trabaja y colabora con distintas instituciones, tanto públicas como privadas, para la conservación de los ecosistemas marinos a nivel nacional.

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Dentro la estrategia nacional se destacan la Red Arrecifal Dominicana (RAD) y el Consorcio Dominicano de Restauración Costera (CDRC), desde las cuales varias instituciones trabajan de la mano para lograr un mayor impacto en las actividades e iniciativas de conservación a nivel nacional.